Vzhľadom na to, že Trenčín v Škrtelových časoch nepatril ani zďaleka medzi slovenskú špičku, Martin na veľké trofeje musel čakať. Prvého majstrovského titulu vo svojej kariére sa dočkal na konci ročníka 2006/2007, kedy sa radoval z cennej trofeje v ruskej Premier League ako hráč Zenitu Petrohrad. V spomínanom ročníku prekonal Škrtel súperových brankárov z pozície stopéra sympatických päťkrát a taktiež získal aj individuálne ocenenie pre najlepšieho slovenského futbalistu za rok 2007.