Joe Thornton bol v sezóne 2005/2006 šokujúco vymenený z Bostonu Bruins do San Jose Sharks, kde pôsobí doteraz. Spoločne so spomínaným Patrickom Marleauom bol tvárou klubu, no v klube prebieha generačná výmena a Thornton s Marleauom začínajú hrať v klube druhé husle. Obaja dokážu byť ešte veľmi produktívni, no ich vek je už nepostačujúci a „žraloci“ chcú vsadiť na mladšiu krv. 193 centimetrov vysoký center má v 36 rokoch zámorskej profilige čo ponúknuť. Ešte niekoľko rokov môže predvádzať hokej na tej najvyššej úrovni.