V národnom drese Keylor Navas debutoval v roku 2008, a teda súčasťou reprezentácie Kostariky je už približne desať rokov. Za ten čas za túto malú krajinu zo Strednej Ameriky odchytal 76 zápasov. Momentálne patrí medzi lídrov národného mužstva a vzhliadajú k nemu aj mladší spoluhráči.  Na medzinárodnej úrovni ešte nikdy nebol vylúčený, okrem kvalifikácií si zachytal na Gold Cupe, majstrovstvách sveta či na Copa Centroamericana.