Pre dohodu s Realom Madrid sa musel dokonca porúčať od španielskeho národného tímu len deň pred štartom Majstrovstiev sveta v Rusku. Ani v hlavnom meste však nemal na ružiach ustlané. Odišiel Ronaldo a klub sa nijak extra výrazne neposilnil. Lopetegui načal kariéru v Reale prehrou v superpohári proti mestskému rivalovi, neskôr si napravil chuť začiatkom La Ligy, no v posledných troch dueloch dvakrát prehral a raz remizoval. Najšokujúcejším výsledkom bola najtesnejšia prehra v Lige majstrov proti CSKA Moskva, čo médiá ihneď využili na dohady o možnom rýchlom konci španielskeho kouča na Santiago Bernabeu.