Aj keď sa meno francúzskeho hviezdneho obrancu spájalo s Bayernom dlhú dobu, len málokto veril, že bavorský celok bude ochotný vyplatiť Atléticu Madrid 80 miliónov eur. Stalo sa tak koncom marca, kedy Bayern oznámil letný príchod Hernandéza, ktorý v Mníchove podpísal kontrakt na 5 rokov a s platom 13 miliónov eur ročne sa stal najlepšie zarábajúcim hráčom Bayernu.