Keď prestupoval z Athleticu Bilbao za 40 miliónov eur, stal sa nielen najdrahším baskickým futbalistom vôbec, ale aj najdrahšou posilou, ktorú si do svojich radov vybrali kluby Bundesligy. Vysoká opora tímu Marcela Bielsu lákala Bayern svojou univerzálnosťou, veď Javi hrá rovnako kvalitne na pozícii stopéra i defenzívneho záložníka. V Mníchove  však netušili, že investujú do hráča z porcelánu. Viacero zranení znemožnilo Martinezovi nastúpiť na viac ako 45 zápasov v priebehu 3 rokov. V tejto sezóne dokonca nenastúpil ani na jeden zápas, keď sa v letnom Superpohári proti BVB zranil. Martínezovi ostávajú do konca kontraktu už len dva roky a v Mníchove zrejme budú tuho v lete uvažovať, čo ďalej. Isté je, že podobnú prestupovú sumu už za Javiho nijaký klub nezaplatí.