Hoci to s portugalským trénerom na lavičke portugalského giganta neraz vyzeralo veľmi zle, nakoniec sa v hlavnom meste vždy udržal. Jorge Jesus sa stal trénerom Benfiky v júni 2009, po tom, čo vystriedal Španiela Quiqueho Floresa. S klubom sa mu podarilo občasne narúšať dominanciu FC Porta, keď získal tituly v sezóne 2009/2010 i 2013/2014, teda úplne prvej a zatiaľ poslednej. V dvoch sezónach po sebe dokonca prenikol až do finále Európskej ligy .Benfika je fungujúci klub s množstvom nádejných mladíkov, po ktorých siahajú každoročne tie najväčšie európske kluby a veľkú zásluhu na tom má práve Jorge Jesus.