Prvýkrát sa skupinová fáza v európskych pohároch použila v sezóne 1991/92 v Pohári európskych majstrov, pričom vtedy to bola akási semifinálová fáza, keďže víťazi dvoch skupín išli hrať rovno finále. O rok neskôr sa už súťaž volala Liga majstrov, pričom prvýkrát ju hral náš klub, hoci ešte reprezentujúci československý futbal. Slovan vtedy tesne pred skupinovou fázou vyradilo AC Miláno, ktoré z nej vtedy bez straty bodu postúpilo do finále. Po osamostatnení sa sme prvé tri sezóny nemohli mať zástupcu v Lige majstrov, na čo trikrát doplatil Slovan, ktorý bol vtedy vždy majstrom. Prvá možnosť prišla až v sezóne 1997/98, pričom 1. FC Košice ju hneď využili. V 1. predkole vyradili islandský IA Akranes po dvoch výhrach v celkovom súčte 4:0 (góly: Semeník, Tóth, Sovič, Faktor). V druhom a vtedy rozhodujúcom predkole narazili zverenci Jána Kozáka na Spartak Moskva, ktorý doma porazili 2:1 (góly: Kožlej, I. Kozák) a v odvete uhrali postupovú bezgólovú remízu. 1. FC Košice tak postúpili medzi šestnásť najlepších klubov Európy. V tej sezóne sa hralo poslednýkrát so štyrmi skupinami, o rok neskôr ich bolo šesť a o ďalšiu sezónu neskôr už osem, pričom vtedy zaviedli aj dve skupinové fázy, keď v tej druhej boli štyri skupiny. Súčasný skupinový model platí až od sezóny 2003/04.