Aj pohárová súťaž číslo dva prešla zaujímavou premenou, a to nielen v názvoch. Prvýkrát sa v nej skupinový model použil až v sezóne 2004/05. Štyridsať mužstiev sa rozdelilo do ôsmich skupín, kde sa nehralo systémom každý s každým doma-vonku, ale každému klubu prisúdili dva zápasy doma a dva vonku s inými súpermi. Tento model vydržal päť rokov a náš klub si ho vyskúšal až v poslednej možnej sezóne, ktorá bola zároveň derniérou pre Pohár UEFA. Žilina vtedy v 1. predkole vyradila MTZ-RIPO Minsk, keď vonku remizovala 2:2 a doma vyhrala 1:0. V 2. predkole si Žilinčania poradili po dvoch výhrach 2:1 s Libercom. Rozhodujúci dvojzápas o skupinovú fázu čakal Žilinu v 1. kole proti Levski Sofia. Doma remizovali 1:1, po nej vyhodili trénera Pavla Vrbu, čo bol šťastný ťah, keďže Dušan Radolský v odvete doviedol Žilinu k postupovej výhre 1:0, o ktorú sa gólom postaral Brazílčan Adauto.