Kapitán slovenskej reprezentácie je tiež poctivý zberateľ štartov v Lige majstrov. Má ich na konte 21 a všetky v drese FC Liverpool. No nielen to. Škrtel sa totiž spomedzi slovenských futbalistov pozrel v Lige majstrov najďalej. Hneď na začiatku svojho pôsobenia v Liverpoole sa dostal do semifinále. V ňom nastúpil v oboch dueloch proti Chelsea Londýn, ale po pamätných zápasoch išli ďalej modrí. V ďalšej sezóne skončil Liverpool vo štvrťfinále, potom v skupine, no a vlastne odvtedy už nepatrí tento klub do kontinentálnej špičky, čo potvrdil v sezóne 2014/15. Za tie roky bola jediná, v ktorej hral Liverpool milionársku súťaž a hneď opäť skončil v skupine.