V roku 2001 bol Marek Svatoš draftovaný do NHL. V siedmom kole z celkového 227. miesta si ho vybrala organizácia Colorada Avalanche. Sezónu 2001/2002 strávil v spomínanom Kootenay Ice a o rok hral už na farme denverského tímu v AHL Hershey Bears, kde plnil rolu asistenta kapitána. V sezóne 2003/2004 dostal prvú príležitosť v NHL. V štyroch stretnutiach dokázal svoj veľký potenciál, strelil dva góly, no americký celok ho napriek dobrým výkonom poslat naspäť na farmu.