V rakúskom Salzburgu Niko skončil hráčsku a načal trénerskú kariéru, keďže viedol najprv juniorov a neskôr aj prvý tím. V roku 2013 sa dnes 46-ročný kouč vybral trénovať chorvátsky výber do 21 rokov, kde však vydržal len polrok, keďže si ho vybral chorvátsky A-tím. Krajinu svojich predkov viedol mladý tréner dva roky, pričom bol na lavičke Chorvátov aj počas MS 2014 v Brazílii. V septembri 2015 sa ujal Frankfurtu, ktorý preformoval podľa svojho gusta a miesto o zotrvania v Bundeslige bojovali Kovačovi zverenci vo finále DFB-Pokalu proti Bayernu, ktorý porazili 3:1 a s nemecko-chorvátskym trénerom sa rozlúčili vo veľkom štýle.