Slávny záložník zo Surinamu, ktorý reprezentoval Holandsko si svoje pôsobenie medzi tímami zo San Sira vôbec nerozložil rovnomerne. Zatiaľ, čo v AC bol pomaly považovaný za klubový legendu, Inter bol prakticky iba krátkou zastávkou pred jeho najslávnejšími rokmi. V decembri 1999 zaňho Inter zaplatil Realu Madrid 24,35 milióna dolárov. Hneď v januárovom domácom súboji s Peruggiou sa prezentoval gólom pri víťazstve 5:0. Seedorf však nebol hráčom na strieľanie gólov, ale akýmsi mozgom v strede poľa. Z zostave Interu prakticky nechýbal a bol dôležitým článkom tímu, v ktorom okrem neho figurovali mená ako Luigi Di Baggio, Hakan Sükür či Javier Zanetti. S Interom sa rozlúčil po 65 odohraných zápasoch prehrou s Laziom Rím 2:4. V lete sa totiž stal súčasťou výmeny za Fernanda Coca. AC Miláno sa tešilo z víťazstva vo finále Ligy majstrov a po 26 rokoch získalo aj taliansky pohár. Pri drvivej väčšine zápasov figuroval na súpiske aj Clarence Seedorf. Ten sa zároveň stal prvých hráčom, ktorý vyhral Champions League s 3 rozličnými tímami (Ajax, Real a AC Miláno). V ďalšej sezóne sa tešil z talianskeho majstrovského titulu, ktorý rozšíril jeho zbierku po 2 holandských a jednom španielskom zlate. Stred poľa s Gatussom, Pirlom a Seedorfom vzbudzoval skutočný rešpekt a Seedorfove kvality dokumentuje aj zápis na Pelého zoznam FIFA 100. Za AC Miláno odohral rovných 300 zápasov a v súčasnosti oblieka dres brazílskeho Botafoga.