V ročníku 2012/13 českej Gambrinus ligy skončil Liberec na treťom mieste, vďaka čomu sa dostal do druhého predkola Európskej ligy. To ešte nikto netušil, aký rozruch tam český tím narobí. V spomenutom predkole tesne prešiel cez lotyšské Skonto Riga vďaka gólu z ihriska súpera. V ďalšom predkole si poradil s nórskou prekážkou v podobe Strømsgødset IF a postúpil do play-off. V ňom už postupové šance často závisia aj od šťastia v žrebe. Liberec sa mal predstaviť proti Udinese. To určite nebol súper z kategórie jednoduchých, ale víťazstvom v Taliansku 3:1 začali Česi pracovať na senzácii. Doma, na Stadione u Nisy, remizovali 1:1, čím ukončili pôsobenie talianskeho klubu v pohárovej Európe. FC Slovan teda postúpil do skupinovej fázy. Nízky koeficient z minulosti z neho robil jedného z najslabších celkov, hoci v piatom koši možno najobávanejšieho. Súperov našiel v skupine F a konfrontovať sa mal s tímami zo svetových top 5 líg – španielska Sevilla, nemecký Freiburg a portugalský Estoril Praia. Neprajníci možno videli Liberec bez bodu na dne tabuľky, ale hrozba nuly bola odvrátená hneď v prvom zápase. Góly Vladyslava Kalytvyntseva a Michaela Rabušica v druhom polčase priniesli vyrovnanie vo Freiburgu na 2:2. Modro-bieli v ďalšom zápase zaznamenali prvé víťazstvo. V domácom prostredí zdolali Estoril 2:1, takže po dvoch odohraných stretnutiach figurovali na druhom mieste. To si udržali aj po zápase s najväčším favoritom skupiny, Sevillou. Neskorší víťaz súťaže hral v Česku 1:1, pričom vyrovnával až dve minúty pred koncom riadnej hracej doby. Rovnakým výsledkom remizoval Liberec aj v Seville a situáciu si skomplikoval domácou prehrou s Freiburgom. Po sebavedomom rozlete to zrazu začalo byť zaujímavé a nemecký tím boj o druhé postupové miesto zdramatizoval. V Portugalsku proti Estorilu si Slovan počínal najlepšie ako mohol a vyhral tam 2:1. Tým pádom nútil Freiburg doma vyhrať nad Sevillou a Nemcom sa to nepodarilo. Liberčania teda postúpili do vyraďovacej časti. Po Plzni či Sparte by to nebol prvý šokujúci prechod českého zástupcu, avšak mužstvo zo severu Čiech stroskotalo na holandskom AZ Alkmaar. Favorit vyhral už na pôde súpera 1:0 a doma si postup ujsť nenechal. Pre FC Slovan Liberec to bol druhý najväčší úspech v Pohári UEFA respektíve Európskej lige. V sezóne 2001/02 hral vo štvrťfinále, ale keďže sa hralo len vyraďovacím systémom, ako senzačný postup zo skupiny sme to zaradiť nemohli.