Bayern Mníchov --> Atlético Madrid, 22 miliónov eúr

Keď v roku 2012 zaujal perfektnou formou vo Wolfsburgu tak si ho ihneď všimol bavorský veľkoklub a nasledovala chorvástka výmena, pretože okrem štrnástich miliónov Bayern pridal aj Ivicu Olica. Pôvodné plány boli v zmysle toho, že Mandžukić bude skvelá náhrada na lavičke za Maria Gomeza, ten si však privodil dlhodobé zranenie a "Mandžo" dostal plnú dôveru a príležitosť ukázať sa. Na konci jeho prvej sezóny v Bayerne skončil ako najlepší strelec Bavorov s pätnástimi gólmi. Za sebou mal jeho najlepšiu sezónu, keďže získal slávny treble a svojim gólom vo finále Ligy majstrov otvoril skóre. No typológia hry, ktorú naordionoval Guardiola, Mandžukičovi vôbec nesadla a musel prísť odchod. Zlú situáciu chorvástkeho snajpra využilo majstrovské Atlético Madrid, ktoré síce prišlo o Costu, no obratom získalo za oveľa menej peňazí Mandžukiča. V drese "rojiblancos" strelil v La Lige päť gólov a v Lige majstrov sa dokázal presadiť dvakrát. Narozdiel od Bayernu je hra Atlétov nastavená presne pre Mandžukiča a tak sa zdá, že Madrid môže byť ďalšou úspešnou zastávkou v jeho kariére.