Tak ako väčšina talentovaných Chorvátov, aj Alen futbalovo vyrastal v Diname Záhreb, za ktorý si odkrútil debut už keď mal 16 rokov a 101 dní. Počas dvoch sezón v prvom tíme Dinama odohral 44 zápasov, v ktorých strelil 7 gólov a svojimi kľučkami a perfektnou technikou hneď zaujal popredné európske veľkokluby. Dlho prebiehali špekulácie o tom, v ktorom veľkoklube nakoniec mladík skončí. V marci 2014 sa Alen dohodol na podmienkach zmluvy s katalánskym gigantom FC Barcelona, kde následne prestúpil za 2,2 milióna eur.  "Som veľmi šťastný a neviem nájsť slová, ktoré by opísali môj pocit. V prvom rade ďakujem Dinamu, pretože to je klub, v ktorom sa moje sny začali napĺňať. Chcem vyjadriť vďaku aj všetkým mládežníckym trénerom a fanúšikom Záhrebu. Samozrejme, že Barcelona je niečo úplne iné a ja tento klub milujem od malička a bude mi cťou byť súčasťou tak veľkého klubu," povedal mladý Chorvát po prestupe ku katalánskemu gigantovi. Halilović podľa očakávaní po podpise zmluvy putoval do rezervného tímu Barcelony, kde zatiaľ v druhej najvyššej španielskej súťaži odohral dvanásť zápasov, v ktorých strelil dva góly. Od roku 2013 je Alen členom chorvátskej reprezentácie, za ktorú už stihol odohrať sedem zápasov, no zatiaľ bez gólu. Zaujímavosťou je, že medzi rokmi 2013 a 2014 vystriedal Halilović štyri reprezentačné kategórie a to od výberu U17 až po „A-tím“.