Narodil sa do mnohopočetnej rodiny, ktorá žila na okraji Buenos Aires a v dome nemali ani toaletu. Distribúcia kokaínu bola na dennom režime a neobišla ani Sergia, no toho začali živiť kúzla s loptou, za ktoré si na ulici pýtal peniaze. S chudoby ho chvalabohu dostal klub Independiente, ktorý mladíkovi zaplatil knihy do školy, živobytie a vzal ho pod svoje krídla. Za tri roky v prvom tíme ukázal naplno svoj obrovský potenciál a teda nasledoval 22 miliónový prestup do Atlética Madrid, kde začalo Aguerove veľké európske ťaženie.

Madridský klub zabezpečil Sergiovu rodinu a hráčovi poskytol všetky podmienky pre rýchle adaptovanie. „Kun“ sa zato odvďačil viac než 100 gólmi a za 5 rokov v kádri „rojiblancos“ si vytvoril status jedného z najlepších útočníkov sveta. V lete 2011 prestúpil do Manchestru City, kde je azda najväčšou hviezdou klubu a na konte má tiež mnohé rekordy.