Ligový titul z roku 2002 naznačoval, že s Borussiou Dortmund treba v Nemecku opäť úočítať. Klub sa ale začal dostávať do finančných problémov, čo zapríčinilo zmeny trénerov a úpadok formy. Kritická a zlomová bola sezóna 2007/2008, kedy Dortmund pod vedením trénera Thomasa Dolla skončil až na nelichotivom 13.mieste.

Doll si zbalil kufre, aby ho nahradil športový moderátor a bývalý tréner Mainzu, Jurgen Klopp. Sympatický mladý tréner ukázal, že svoju prácu berie viac ako vážne a postupne si okrem dôvery fanúšikov vybudoval aj úderný káder. Mená ako Gotze, Hummels, Lewandowski, Reus či Gundogan sa stali rýchlo známe po celom svete a so správnym receptom od Kloppa sa BVB dostala opäť na ligový trón, na ktorom sa udržala v sezónach 2010/11 a 2011/12. Klopp sa tiež dostal až do veľkého finále Ligy majstrov, kde proti Bayernu neuspel, no napriek tomu je dnes už ako bývalý kouč Dortmundu braný za zakladateľa novodobého úspechu BVB.