Reprezentačná kariéra Mullera nezačala hviezdne, keďže debutoval pri prehre 1:0 v priateľskom zápase Nemecka s Argentínou. Na pozápasovej tlačovke sa vtedy Thomas Muller ako mladé ucho stretol s legendou Diegom Maradonom, ktorý ho verejne vysmial pre jeho vzhľad a označil za podávača lôpt. V roku 2010 vo štvrťfinále majstrovstiev sveta však prišla sladká pomsta v podobe nemeckého víťazstva 4:0, pričom práve Muller už v tretej minúte otváral skóre. „Už si asi nebude myslieť, že som len podávač lôpt“, zavtipkoval Nemec na účet Maradonu, ktorý po tomto zápase rezignoval na post trénera Argentíny.