Muller sa narodil v bavorskom Weilheime, kde začal s futbalom v malom miestnom klube TSV Pahl. V rodnom mestečku, ktoré je od Mníchova vzdialené nie viac ako 50 kilometrov, si pozornosť získal od prvých dní. Thomas bol od mala bol predurčený k veľkým veciam a bolo veľmi pravdepodobné, že z neho vyrastie futbalová hviezda. Rodinný priateľ a mládežnícky tréner, Wolfgang Tuffentsamer, spomína na jeho začiatky: "Vstal skoro ráno a chodil hrať na ihrisko Pahlu. Spomínam si na jednu sezónu, kde sme strelili 165 gólov a malý Thomas dal 120 z nich."