Keď mal Thomas 11 rokov, vymenil malomestský TSV Pahl za giganta Bayern Mníchov. Od roku 2000 tak musel bojovať s rovnako nadanými spoluhráčmi a snažiť sa, aby postupoval len na hor. Mládežnícki tréneri FCB mu však vzhľadom na jeho fyzické propozície nepripisovali žiarivú budúcnosť. Po ukončení jednej z mládežníckych sezón bol dokonca Thomas jednou nohou von z klubu, no dali mu poslednú šancu, ktorú mladík využil a vybojoval si dôveru. Thomas sa ako jeden z mála dokázal presadiť od mládeže až po prvý tím. Vrchol jeho mládežníckej cesty bolo víťazstvo ligy s družstvom „U-19“ v roku 2007. Pred sezónou 08/09 už stál pred dverami veľkého futbalu a bundesligovej scény.