Čílsky manažér Manuel Pellegrini absolvoval s Málagou skutočne famóznu cestu skupinou Champions League až do štvrťfinále, kde ich vyradila doslova nešťastná súhra okolností. Jeden zo španielskych zástupcov bol pred žrebom vo štvrtom výkonnostnom koši a stretnúť sa malo s AC Milánom, Zenitom Petrohrad a Anderlechtom. Na úvod čelila Zenitu, s ktorým sa mohla pobiť o druhé postupové miesto. Rusov však dokonale šokovala a zdolala ich hladko 3:0. Rovnaký výsledok si odniesla aj z Bruselu a odrazu sa postupová méta zdala byť mimoriadne blízko. V zápase o poistenie prvej priečky dokonca na štadióne La Rosadela pokorila AC Miláno 1:0. Táto séria senzačných výsledkov nepokračovala v odvetnej časti skupín, vďaka trom remízam si Málaga udržala neporaziteľnosť, na ktorú by si pred začiatkom súťaže nikto nevsadil. Vyhrala skupinu C so štvorbodovým náskokom pred AC Milánom a zahrala si medzi 16 najlepšími mužstvami Európy. V osemfinále čelila ostrieľanému Portu, no napriek prehre 0:1 v prvom zápase, v odvete vyhrala bojovnosť, nadšenie a eufória. V Španielsku sa zrodilo víťazstvo domácich 2:0 a FC Porto sa so súťažou muselo rozlúčiť. Vo štvrťfinále bola Málaga jedným z troch reprezentantov La Ligy a čelila Borussii Dortmund. Po domácej remíze 0:0 bola v odvete vyradená doslova v posledných sekundách. Ešte do nadstavenia hostia držali postupové vedenie 2:1, no Reus v 91. a Santana v 93.minúte skóre otočili. V prvom momente to bolo pre Španielov obrovským sklamaním, no s odstupom času môžeme takúto cestu označiť za veľké prekvapenie.